Холдинговая Компания «Новотранс» динамично развивается уже на протяжении 10 лет. За этот период произошло значительное увеличение парка вагонов (более 20 000 единиц), штата сотрудников, расширилась сфера влияния и сфера интересов Компании. В настоящее время введено в эксплуатацию ООО "Вагоноремонтное предприятие "Новотранс" (ст. Белая ВСЖД, пос. Тайтурка в 80 км от г. Иркутск) и осуществляется строительство двух вагоноремонтных предприятий в г. Прокопьевск Кемеровской обл., в г. Кашира Московской обл. Общая годовая мощность - 15 тыс. вагонов.

01 ноября 2000 года образована Транспортная Компания «Новотранс». ТК «Новотранс» стала одной из первых компаний-операторов, созданных в соответствии с концепцией структурной реформы федерального железнодорожного транспорта РФ и зарегистрированных в Министерстве путей сообщения РФ.
24 марта 2004 года в целях организации погрузки полувагонов со станций Дальневосточной ж.д. образована Дальневосточная Компания «Новотранс».
19 мая 2004 года для обеспечения диверсификации в центральном регионе России создана Грузовая Компания «Новотранс».
22 июля 2004 года в целях расширения сферы влияния на Красноярской, Восточно-Сибирской и Забайкальской железных дорогах создана Сибирская Компания «Новотранс».
29 ноября 2004 года ТК «Новотранс», ДК «Новотранс», ГК «Новотранс» и СК «Новотранс» для оптимизации координации управления были объединены в Холдинговую Компанию «Новотранс».
04 апреля 2005 года в связи с увеличением парка подвижного состава и для обеспечения исправного технического состояния вагонов образована Ремонтная Компания «Новотранс».
13 июля 2005 г. в связи с расширением региона погрузки вагонов образовано представительство на Украине – ООО «Новотранс-Украина».
26 сентября 2006 г. для организации перевозок в 2-х ярусных крытых вагонах-автомобилевозах создана компания ООО «Новотранс-Авто».
В 2007 году приступили к постройке вагоноремонтных предприятий в г. Иркутск, в г. Прокопьевск Кемеровской обл., в г. Кашира Московской обл. общей мощностью производства плановых видов ремонта 15 000 вагонов в год.
01 июля 2008 г. в составе ОАО Холдинговая компания «Новотранс» образовано новое структурное подразделение – ООО «Южная компания «Новотранс».
01 января 2009 г. введено в в эксплуатацию ООО "Вагоноремонтное предприятие "Новотранс" (ст. Белая ВСЖД, пос. Тайтурка в 80 км от г. Иркутск). Оказывает услуги по проведению плановых ремонтов грузовых вагонов, ремонту колесных пар со сменой элементов, окраске вагонов, производству модернизации ряда комплектующих.